Elektroforesis adalah teknik pemisahan dari DNA, RNA, dan protein menggunakan arus listrik pada matrik gel.
Dalam proses elektroforesis memerlukan gel atau agar yang digunakan sebagai medium.
Untuk melakukan elektroforesis terlebih dahulu kita harus mengetahui karakteristik gel yang akan digunakan. Ada dua jenis gel atau agar yang digunakan yaitu agarosa dan poliakrilamida.
Elektroforesis menggunakan gel agarosa merupakan metode standar untuk memisahkan, mengidentifikasi, serta memurnikan fragmen DNA dan RNA dan dilakukan pada medan gerak horizontal.
Kelebihan elektroforesis menggunakan gel agarosa biasanya lebih mudah dan sederhana, laju pemisahan lebih cepat sehingga fragmen DNA lebih cepat terbentuk, mampu memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya, preparasi gel lebih cepat karena pembuatan gel agarosa lebih mudah, serta bersifat non toksik.
Sedangkan kelemahan elektroforesis menggunakan gel agarosa adalah gel nya mudah rusak oleh tangan sehingga memerlukan kehati-hatian.
Jika dibandingkan dengan gel poliakrilamida, gel agarosa tingkat resolusinya lebih rendah, gel agarosa mampu memisahkan fragmen DNA atau RNA yang berukuran >100 bp hingga ukuran fragmen 50,000 bp serta memisahkan protein dengan ukuran >200 kDa.
Untuk ukuran fragmen (pita) DNA yang berukuran rendah (<100 bp) direkomendasikan untuk menggunakan gel poliakrilamida karena gel poliakrilamida memiliki resolusi yang lebih tinggi dalam memisahkan DNA sehingga jika panjang molekul DNA yang berbeda hanya satu nukleotida bisa dideteksi dengan menggunakan gel ini.
Gel poliakrilamida mampu memisahkan fragmen DNA dengan ukuran 5-500 bp serta memisahkan protein dengan ukuran 5-200 Kda.
Dalam melakukan elektroforesis pada gel agarosa menggunakan voltase yang rendah, sedangkan pada gel poliakrilamida menggunakan voltase yang lebih tinggi.
Elektroforesis menggunakan gel poliakrilamida dilakukan pada medan gerak vertikal. Pembuatan gel poliakrilamida lebih sulit daripada gel agarosa karena gel poliakrilamida memiliki resolusi tinggi, membutuhkan biaya yang mahal, preparasinya lama, laju pemisahan fragmen lebih lambat serta bersifat toksik.
Dalam melakukan elektroforesis, sampel molekul yang akan dianalisis dimasukan ke dalam sumur (well) pada gel dan dimasukkan kedalam larutan penyangga misalnya TBE 1× atau TAE 1× kemudian dialirkan listrik dan molekul sampel akan bergerak menuju salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya.
Misalkan asam nukleat, maka arah pergerakannya akan menuju elektoda positif karena muatan negatif pada rangka gula fosfat yang dimilikinya.
Setelah proses elektroforesis selesai maka selanjutnya dilakukan proses staining supaya molekul sampel yang sudah terpisah dapat dilihat.
sekian artikel hari ini semoga bermanfaat ^ ; ^